О жизни преподобного Нила известно из его жития, написанного в конце XVI века. В Государственном архиве Тверской области хранятся три рукописи 18 века, рассказывает .
Родился Нил в конце XV века в Жабенском погосте Деревской пятины Новгородской земли; о его родителях и мирском имени сведения не сохранились. В раннем возрасте он осиротел и пришёл в Крыпецкий монастырь, где принял монашеский постриг с именем Нил в честь преподобного Нила Постника.
Прожив в монастыре некоторое время, Нил покинул его и в 1515 году пришёл в лес близ речки Черемхи (Серемхи), где построил себе келью, в которой прожил отшельником 13 лет. Постепенно известия о поселившемся в лесу отшельнике стали распространяться, к Нилу начали приходить люди за наставлениями и молитвами. Тяготясь вниманием, он в 1528 году оставил свою Серемхскую пустынь и переселился на остров Столобный на озере Селигер.
На острове Нил вырыл себе землянку, в которой прожил первую зиму, а летом построил деревянную келью и часовню. Преподобный прожил в одиночестве на острове 27 лет; добывал себе пищу земледелием, принимал в дар рыбу от посещавших иногда остров рыбаков. Нил отличался особым аскетизмом: не желая спать лёжа, он вбил в стену кельи крюки и, опираясь на них, отдыхал.
В 1555 году Нил преставился и был погребён здесь на острове. Близ его могилы на острове стали селиться отшельники-молитвенники, со временем основан Нило-Столобенский монастырь – одна из значимых православных святынь, памятник истории и архитектуры.